Strukturę organizacyjną określa Regulamin Organizacyjny.
Dolnośląską Służbą Dróg i Kolei we Wrocławiu kieruje Dyrektor przy pomocy:
- Dyrektora Departamentu Ekonomiczno-Administracyjnego,
- Dyrektora Departamentu Dróg i Mostów,
- Dyrektora Departamentu Inwestycji,
- Dyrektora Departamentu Kolei.
Dyrektor Dolnośląskiej Służby Dróg i Kolei we Wrocławiu odpowiada za całość działalności jednostki i reprezentuje ją na zewnątrz.